1、沒有房產證、產權證
按照法律的角度來看，小產權房指的是沒有產權的房屋。也就是說這類房子是沒有國家頒發的土地使用證和預售許可證，當然購房合同也不可能在房管局備案。因此，無法擁有一本合法合規，有效的房產證。
此外，小產權房還無法辦理產權證。因為辦理產權證，需要擁有國有土地使用證、建設用地規劃許可證、建設工程規劃許可證、建筑工程施工許可證及商品房銷預售許可證。而這些小產權房的開發者是不具備五證，因此小產權房購買者無法到房管部門辦理相關房屋產權證。所以，小產權房是沒有房產證以及產權證的。
2、不能貸款、不能過戶
由于小產權房土地性質的原因，它只有居住功能，就連購房貸款都不能辦理。其實因為土地的原因，一切和官方有關的金融功能幾乎為零，也就是如果購房者買了小產權房子，不僅不能向銀行貸款，還不可以抵押，不可以按揭，也不可以到房管局去過戶，理論上不可以買賣，如果要私下買賣，也只有一紙合同或者協議而已，沒有房產證。
3、易出問題、維權難
購房者如果購買了小產權房，并和開發商簽訂合同并交付房款后，遇到政府整頓小產權房，那么可導致部分項目停建甚至被強迫拆除。購房人會面臨既無法取得房屋，又不能及時索回房款的尷尬境地。
就算小產權房的項目順利建成交工，購房者也有可能面臨其它問題。這是因為小產權房不受法律認可，也不用在房管部門備案，不在政府機構監管范圍內。一些小產權房開發商為了賺錢會偷工減料，存在質量平安隱患。在使用房屋的過程中，如果購房者遇到一些房屋質量問題、公共設施維護問題，維權途徑非常有限。
4、物業和其它權益得不到保障
大多數小產權房所在的小區管理可能跟不上現代化的管理模式，因此物業服務得不到保障。除此之外，購房者在購得小產權房后，一旦遇到政府征地拆遷，由于小產權房并沒有國家頒發的房產證，因此，購房者也就并非合法的產權人，也就無法獲得相應的拆遷補償。
5、拆遷補償難、質量沒保證
由于小產權房沒有房屋合法所有人，無法對抗國家的征地和拆遷，購房者將來遇到拆遷，將很難得到補償。若小產權房屋違反國家政策被強拆，購房人可能面臨既無法取得房屋，又不能索回房款的尷尬局面。另外，現在不少的開發商在建設小產權房屋時，因職能部門監管不力，為賺錢而對房屋使用的材料進行偷工減料，存在嚴重安全隱患。
目前，有不少的小產權房出現墻體裂縫、房屋漏水等質量問題。這樣一來，對于居住的安全性以及品質都大打折扣。而且，這類房出現的房屋質量糾紛，購房者維權難，終只能自行承擔損失。
小產權房是不能做抵押申請貸款的。要想做抵押貸款的房子，必須要獲得房屋產權證。沒有取得房屋產權的房屋既不能進行交易，也不能用作抵押。而小產權房是沒有獲得房屋產權證的。
