1、概念不同：小產權房指的是在農村集體土地上建設的房屋，沒有繳納土地出讓金等費用，其產權證不是由國家房管部門頒發，而是由鄉或村頒發，所以也稱之為鄉產權房。大產權即完全產權，包括房產使用權證與國有土地使用權。大產權的房屋在進入二級市場時，無需繳納土地出讓金和收益收成。
2、房屋類別不同：由國家發產權證的房屋即為大產權房，不是由國家發產權證的房屋即為小產權房。我們所購買的普通商品房都屬于大產權房，其中包括70年產權、50年產權、40年產權三種。一般小產權房分為這三類：一是在集體建設用地上建成的，即宅基地上建成的房子，只屬于該農村的集體所有者，外村農民不能購買;二是在集體企業用地或者占用耕地違建設的房子;三是各類農業園或養老院的別墅。
1、缺少“五證”：“五證”即具備國有土地使用證、建設用地規劃許可證、建設工程規劃許可證、建筑工程施工許可證及商品房銷預售許可證。如果沒有“五證”是不能辦理房產證的。沒有產權，不受法律的保護。
2、拆遷難補償：除了不能辦理房產證外，那些“便宜房”實際上屬于在政府規定范圍以外的違章建筑，如果和國家的規劃相沖突，還很有可能被拆除，而且業主也不會得到拆遷安置補償。
3、質量難保證：房屋質量沒人監督，一些開發商為賺錢會偷工減料，存在安全隱患。這類房屋一般由土地所在村開發，除了房屋質量和房屋售后保修難以保證以外，入住后的物業管理也極容易出現問題。
4、不能抵押轉賣：小產權房不能抵押或者上市轉賣。由于沒有正規的產權證，小產權房不能作為抵押或上市專賣。
5、不能抵押貸款：小產權房不能在房地產管理部門登記備案，所以不可以辦理抵押等他項權利，沒有他項權利就相當于沒有合法的質押物抵押到銀行，銀行貸款就無法批復。
